Świadczenie przez Jednostkę Certyfikującą Ekogwarancja PTRE Sp. z o.o. usługi certyfikacji jest odpłatne.  Rodzaj oraz wysokość poszczególnych opłat pobieranych w ramach procesu certyfikacji określone są w aktualnych cennikach dla każdej kategorii zgłaszanej działalności do certyfikacji. Cennik doręczany jest każdemu podmiotowi objętemu certyfikacją, jak również udostępniany jest na wniosek.